דיקור מי שפיר הינה בדיקה חודרנית, בשל כך קיים סיכון קטן ביותר המוערך כ - 1:700 מקרים לאיבוד ההיריון ,לרוב בשל זיהום וירידת מים. כיום, בדיקות הסקר ( דהיינו: שקיפות עורפית ובדיקת הדם המתלווה אליה בשליל הראשון של ההיריון בנוסף לבדיקת החלבון העוברי) וסקירות המערכות, המוקדמת והמאוחרת, מזהות את מרביתן המכריע של תסמונות הדאון. במקרים שיש הצדקה, כגון: גיל האישה , ממצאי בדיקות הסקר שאינן תקינות או ממצאים המאובחנים בסקירת המערכות יש הצדקה לדיקור . במידה והחלטת לבצע את הדיקור למרות שאין התוויה רפואית כאמור לעיל מסיבותיך את, נבצע את דיקור מי השפיר.

הסקירה המוקדמת מאפשרת זיהוי של כ- 75% מהמומים בעובר. ישנם איברים שבשלב המוקדם של הריון לא סיימו את התפתחותם, כגון: המוח. גם גמדות לרוב אינה מאובחנת בסקירה המוקדמת והפערים באורכי העצמות יופיעו בהמשך ההריון. בעיות המתבטאות בהיקף ראש קטן או גדול גם יתחילו להופיע רק בתקופת הסקירה השנייה. קימות סיבות רבות נוספות לבצע את הסקירה השנייה ולכן קיימת הצדקה לבצע את שתיהן.

האולטרה סאונד אינו פוגע בעובר. תדירות גלי הקול במכשיר אינה משפיעה או מחממת את הרקמות . ולכן אין נזק בביצוע הבדיקה במהלך ההיריון .

לאור התפתחות העובר לאורך כל שלבי ההיריון, ישנן מערכות ספציפיות שבהן ייתכנו שינויים חריגים, דווקא בשליש השלישי של ההיריון. הסקירה השלישית מתמקדת באיברים הספציפיים: מוח, בית חזה,אברי בטן, מערכת שתן ועוד.

זאת בנוסף על הערכת גדילה ומצבו הכללי של העובר. אבחון של ריבוי מי שפיר או מיעוט מי שפיר יקבלו התייחסות לאיתור הגורם שהוביל לבעיה. במידה ויופיעו סימנים לסוכרת הריון בעקבות הבדיקה, תשלח הנבדקת להעמסת סוכר מלאה לצורך בירור ואבחון. במקרה של ממצאים חריגים במערכת השתן יומלץ על המשך בירור לאחר הלידה. חשיבות בירור זה תאפשר איתור ומניעה מוקדמת של דלקות בכליות לתינוק. ממצאים מוחיים חריגים יופנו להערכה נוספת באמצעות MRI עוברי. הבדיקה אינה מכוונת שוב לאיברים כגון אצבעות , שפתיים עמוד שדרה שנצפו בבדיקות הקודמות ותקינותם אושרה .